按照植物或作物类型分为：果树病害、蔬菜病害、大田作物病害、牧草病害、森林病害、花卉病害等。 

按照寄主受害部位可分为：根部病害、茎部病害、叶部病害和果实病害等。 

按照病害症状表现可分为：腐烂型病害、斑点或坏死型病害、花叶或变色型病害等。 

按病原生物类型叉分为：真菌病害、细菌病害、病毒病害等。 

按传播方式和介体分为：种传病害、土传病害、气传病害和介体传播病害等。但最客观也最实用的分类方法是按照病因类型来区分的。 

它的优点是既可知道发病的原因，又可知道病害发生特点和防治的对策等。根据这一原则，植物病害分为两大类，第一类是有病原生物因素侵染造成的病害，称为侵染性病害，因为病原生物能够在植株问传染，因而又称传染性病害；另一类是没有病原生物参与，只是由于植物自身的原因或由于外界环境条件的恶化所引起的病害，这类病害在植株间不会传染，因此称为非侵染性病害或非传染性病害。